遊戲以動畫的 17~24 話與劇場版「Air 真心為你」為基礎。主角不是玩家熟悉的原作角色,
而是隸屬於 NERV 諜報部的探員劍崎恭也。故事從主角秘密運送 EVA 四號機到了 NERV 本部開始,
面對恐怖份子的攻擊、NERV 內部暗藏的陰謀等,透過調查各個事件,逐漸解開原作中留下的種種謎團。
玩家扮演的主角劍崎,在與美里、加持、律子、真嗣、零、明日香等人的交流之下,也逐漸產生了疑問…。
◆ 三大主線釐清 EVA 所有謎團
隨著遊戲進行,主線會發展出三個故事:「基本路線」與 TV 和劇場版故事相同,
玩家可以透過主角劍崎的觀點,和 EVA 駕駛者與 NERV 其他成員的互動中,再次體驗新世紀福音戰士的世界觀。
在「主角路線」中,與美里、律子和加持曾為同窗的劍崎,發現自己也帶有使徒的遺傳因子,為此而苦惱著,
並重新思考了自己的方向。「瞳路線」則是透過遊戲裡另一位新登場的原創角色,參與 Dummy System 和
Dummy Plug 開發的科學家加賀瞳的觀點,在看到初號機與第 14 使徒的作戰後,感受到的恐怖與威脅感。